Wybuch I wojny światowej przerwał jego edukację. Wtedy postanowił wyjechać i związać swoją przyszłość z duchowieństwem. Rozpoczął naukę w salezjańskim ośrodku powołań późnych z Czech w Perosa Argentine we Włoszech. Święcenia kapłańskie przyjął 1 lipca 1932 r. i uzyskał doktorat na Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie.
Powrócił do Czech, gdzie zaczął szerzyć idee salezjańskie, budować ośrodki edukacyjne i kościoły, a także zaczął wspierać np. studentat filozoficzny (klasztor) z internatem dla Czechów i Słowaków. W latach 30. praca księdza Trochty była dynamiczna, dzięki wsparciu lokalnych społeczności i pomocy władz czechosłowackich. Jednak pod koniec dekady Czechosłowacja, a wkrótce i cała Europa, popadła w niespokojne czasy. Ojczyzna Trochty została przyłączona do Niemiec, a Słowacja przekształcona w państwo marionetkowe.
W nazistowskich Niemczech prześladowano nie tylko Żydów, Romów i homoseksualistów. Duchowni, w tym katoliccy, również spotykali się z terrorem w kraju. Himmler, Goebbels i Hans Frank wspominali o walce z duchowieństwem. Późniejszy zastępca protektora Czech i Moraw, Reinhard Heydrich, jeden z organizatorów konferencji w Wannsee, a więc sprawcy Holokaustu, nienawidził różnych wyznań religijnych i nawet rozkazał Gestapo, aby zwalczało wszelkie przejawy wiary. W okresie nazistowskim aresztowano księży, zakonnice i mnichów, zamknięto szkoły katolickie, przywłaszczono majątek kościelny, rozwiązano chrześcijańskie organizacje młodzieżowe, w tym salezjańskie. Księża katoliccy byli represjonowani. W Dachau, wzorcowym obozie koncentracyjnym dla innych tego typu miejsc, znajdowały się specjalne, oddzielne baraki (nr 26) dla duchowieństwa katolickiego i protestanckiego. Przetrzymywano tam ponad 400 osób.
Podobne represje spadły na czeskie ośrodki kulturalne i religijne. Prawie 500 księży i mnichów zostało zamkniętych w obozach koncentracyjnych. 27 maja 1942 r. czeski ruch oporu doprowadził do śmierci Heydricha. Dzień później w okupowanym kraju rozpoczęła się zemsta z podwójną. Dzień po ataku Štěpán Trochta został aresztowany, a następnie wysłany do obozu koncentracyjnego Theresienstadt. Jego „winą” były kontakty z nuncjaturą i tajne kontakty z Włochami.
Po krótkim czasie ksiądz został wysłany do kolejnych obozów koncentracyjnych, w Mauthausen i Dachau. Pewnego razu cudem uniknął śmierci – został wezwany wraz z 7 innymi więźniami do pracy przy opróżnianiu latryn podczas apelu. Podczas pracy, pchając wózek pełen śmieci, Štěpán Trochta poślizgnął się w drewnianych butach. Niecierpliwy esesman strzelił do niego dwa razy. Ksiądz upadł na ziemię i udawał martwego, mając nadzieję, że Niemiec nie przyjdzie i go nie zabije. Rannego mężczyznę wrzucono na wózek, który przewoził ciała zmarłych do krematorium. Leżąc wśród zmarłych współwięźniów, Štěpán Trochta stracił przytomność. Na szczęście dla niego więźniowie nie zabrali go na miejsce, ponieważ zabrzmiał alarm, kończący ich pracę i wzywający wszystkich na wieczorny apel. Štěpán Trochta obudził się, zerwał kawałek ubrania z jednego martwego więźnia, opatrzył się i poszedł do szpitala obozowego.
Trochta doczekał wolności w obozie Dachau, gdzie współwięźniowie zapamiętali go jako osobę, która zawsze pomagała innym, nie tylko materialnie, ale i duchowo, m.in. dzieląc się żywnością otrzymaną z paczek i udzielając sakramentów.
Po wojnie wrócił do Czechosłowacji. Został mianowany biskupem przez papieża Piusa XII, ale wkrótce zaczął być represjonowany przez władze komunistyczne, które go internowały, a następnie skazały na 25 lat więzienia. Po amnestii pracował na budowie. W 1962 roku przeszedł na emeryturę i zamieszkał w domu opieki pod nadzorem milicji. Zmarł w 1974 roku.