Jeden z więźniów, Stanisław Szmajzner, opisał go w swoich wspomnieniach następująco:
Nigdy nie poznaliśmy jego nazwiska (...) od razu nadaliśmy mu przezwisko „Trottel” co znaczy idiota. Zrobiliśmy to dlatego, że tak nas nazywał. „Trottel”, otyły mężczyzna, prawie tak samo okrągły jak gruby, nadal chodził bardzo zwinnie i pewnie. Bardzo czerwony na twarzy, uwielbiał pokazywać swoją władzę, nie odzywając się zbyt wiele, nawet do swoich oficerów. Zawsze na nas krzyczał i lubił wydawać nam ciągłe rozkazy, których trzeba było przestrzegać do ostatniej kropki.
Urodził się w Ried w Austrii. Wstąpił do NSDAP i SS jeszcze przed przyłączeniem Austrii do III Rzeszy. Kiedy doszło do Anschlussu, Reichleitner służył w Gestapo w Linzu. W ojczyźnie dołączył do operacji T4, w ramach której pracował jako członek personelu w „centrum eutanazji” na zamku Hartheim. Podczas swojej służby poznał wielu przyszłych pracowników obozu w Sobiborze.
W 1942 r. komendant Stangl został przeniesiony z Sobiboru do Treblinki, a Reichleitner został wyznaczony na jego zastępcę. Jedną z pierwszych podjętych przez niego decyzji była rozbudowa komór gazowych, w związku z którą osobiście opracował instrukcje dotyczące wyglądu prac. Nowy komendant nakazał również ekshumację koparką ciał wcześniej zamordowanych i ich spalenie. Za jego rządów w obozie zginęło około 100 000 osób. Sam nadzorował niektóre egzekucje. Jednym z nich było rozstrzelanie kilkunastu osób w odwecie za ucieczkę grupy więźniów pracujących w obozowym lesie. Ocalały więzień Sobiboru, Moshe Bahir, wspominał:
Pewnego razu, gdy starszy mężczyzna z transportów pobił oficera SS, komendant Reichleitner wziął go na bok i zastrzelił na miejscu, na oczach jego rodziny i całego konwoju ludzi.
Nowy komendant obozu rzadko jednak odwiedzał obóz. W porównaniu z innymi komendantami, Franz Reichleitner nieczęsto osobiście nadzorował przyjmowanie transportów lub kierowanie ofiar do komór gazowych. Kiedy wybuchło powstanie w Sobiborze, nie było go w obozie, ponieważ był na urlopie. Później nadzorował likwidację obozu i zacieranie śladów popełnionych tam zbrodni. Podobnie jak wielu innych członków operacji Reinhardt, został przeniesiony na Bałkany, do okupowanej Jugosławii. Jednostka, w której służył, była odpowiedzialna za likwidację miejscowych Żydów oraz walkę z włoskimi i jugosłowiańskimi partyzantami.
Franz Reichleitner zginął w Fiume (obecnie Rijeka) w potyczce z partyzantami. Został pochowany na niemieckim cmentarzu we Włoszech.