Po wstąpieniu do SS stacjonował w Turyngii, a jego pierwszym obozem koncentracyjnym w którym służył był Buchenwald - pracował tam jako kucharz i instruktor. Kiedy wybuchła II wojna światowa, został przydzielony do sztabu operacji T4, tajnego programu eksterminacji osób chorych psychicznie i niepełnosprawnych umysłowo. Pracował jako kucharz w kilku ośrodkach eutanazji w całych Niemczech. Podobnie jak wielu zaangażowanych w operację T4, został wysłany do okupowanej Polski, aby wziąć udział w operacjach eksterminacji Żydów.
Pierwszym przydziałem Kurta Franza był obóz zagłady w Bełżcu. W uznaniu jego zasług w przeprowadzeniu „operacji Reinhardt”, Christian Wirth - główny inspektor wszystkich obozów zagłady biorących w niej udział - wysłał Franza do Treblinki, gdzie został zastępcą komendanta.