Franz Ziereis kwam oorspronkelijk uit München en volgde een handelsopleiding. Hij ging bij de Reichswehr, waar hij 12 jaar diende, de rang van sergeant bereikte en in 1936 de dienst verliet. Daarna verbond hij zijn carrière aan de SS - Ziereis volgde Albert Sauer op als commandant van het kamp Mauthausen, die bij het uitbreken van de oorlog naar bezet Polen werd gestuurd om de hervestiging van de Poolse en Joodse bevolking uit de bij het Derde Rijk ingelijfde gebieden te organiseren.
Ziereis was verantwoordelijk voor de omstandigheden in het kamp. Gevangenen werden gedwongen om martelende arbeid te verrichten in de steengroeven en het harde werk in combinatie met schandalige sanitaire omstandigheden en slecht voedsel zorgden voor een dodelijke mix voor de mensen die daar gevangen zaten.
Ziereis mishandelde en vermoordde zijn slachtoffers persoonlijk. Uit verslagen van overlevenden blijkt dat hij zijn minderjarige zoon toestond om gevangenen neer te schieten met een jachtgeweer. De commandant nam ook deel aan het doden van mensen in de gaskamer, die sinds 1942 in Mauthausen in gebruik was.
Franz Ziereis wilde Heinrich Himmler zelf niet alleen imponeren met de dodelijke efficiëntie van het kamp dat hij leidde, maar ook door archeologisch onderzoek te doen. Het toeval wilde namelijk dat één van de Poolse gevangenen, Kazimierz Gelinek, tijdens zijn werk aan de aanleg van een spoordijk op archeologische vondsten stuitte, waarover hij de kampautoriteiten informeerde. Het Duitse Instituut voor Monumentenzorg gaf opdracht tot het onderzoek, er werd zelfs een kampmuseum opgericht in het subkamp Gusen en Gelinek, die de opgravingen leidde, kreeg de opdracht om een monografie over de gevonden monumenten voor te bereiden. Er werden vijf exemplaren van het boek gemaakt en één ervan werd aan Himmler gegeven toen hij het kamp bezocht.
Geconfronteerd met het naderende Amerikaanse leger in 1945, vluchtte Ziereis met zijn vrouw en zoon en verborg zich in de bergen van Opper-Oostenrijk. Hij werd echter gevonden door de Amerikanen, die meerdere malen op hem schoten toen hij probeerde te vluchten. De gewonde Ziereis werd naar Gusen gebracht, waar de geallieerden een ziekenhuis inrichtten. De voormalige commandant van het kamp Mauthausen werd geopereerd, hoewel zijn toestand gestaag verslechterde. Voor zijn dood slaagde hij erin om ondervraagd te worden en het Amerikaanse leger werd vergezeld door een groep Poolse gevangenen die de ondervraging documenteerden. Tijdens zijn laatste "bekentenis" vertelde Ziereis over de misdaden in het kamp. Hij gaf toe dat hij eigenhandig mensen had gedood. Hij verklaarde zelfs:
Ondanks het feit dat alle lijfstraffen door Berlijn moesten worden goedgekeurd, sloeg ik gevangenen vaak voor mijn plezier.
Tegelijkertijd gaf hij in zijn getuigenis, die hij vrijwillig aflegde, de schuld van de misdaden in zijn ondergeschikte kampen aan zijn superieuren. Hij beschreef misdaden in andere kampen en hoe het hoofdkwartier van de kampen in Oranienburg kampcommandanten naar Sachsenhausen stuurde voor training in het zo efficiënt en snel mogelijk doden.
De commandant van Mauthausen stierf anderhalf uur na het verhoor.