Christoph Probst werd geboren in Murnau, Beieren, als tweede kind van de geleerde Hermann Probst en zijn vrouw Katharina, die lerares was. Zijn ouders scheidden in 1921. Omdat zijn vaders tweede vrouw Elise Rosenthal Joods was, ervoer Christoph het naziregime al snel als een bedreiging. Na de zelfmoord van zijn vader in 1936 bleef de nauwe band houden met zijn stiefmoeder.
Christoph sloot zich in 1934 op vijftienjarige leeftijd aan bij de Hitlerjugend. Zijn persoonlijke vrijheid betekende veel voor hem en al snel vond hij de Hitlerjugend te beperkend. In 1935 ontmoette hij Alexander Schmorell en de twee raakten goed bevriend. Na de verplichte arbeidsdienst en twee jaar militaire dienst bij de luchtmacht, begon Christoph in de zomer van 1939 met een studie medicijnen in München. Op 21-jarige leeftijd trouwde hij met Herta Dohrn. Zij kwam uit een familie die kritisch tegenover het naziregime stond. Samen kregen ze drie kinderen.
Als militair bij de luchtmacht werd Christoph overgeplaatst van München naar Straatsburg en vervolgens naar Innsbruck. Hij ontmoette Hans Scholl, oprichter van verzetsgroep De Witte Roos, in het voorjaar van 1941 via zijn vriend Alexander Schmorell. Probst ging naar de bijeenkomsten van De Witte Roos als hij in München was. Omdat hij al een gezin had, hield hij zich niet bezig met de gevaarlijkste verzetsactiviteiten. Eind januari 1943 schreef Christoph een tekst voor een pamflet, geïnspireerd door de verwoestende Duitse nederlaag bij Stalingrad. Hij veroordeelde de moord op de Joodse bevolking en de wrede oorlog in Polen en de Sovjet-Unie. Hij stelde: “Hitler en zijn regime moeten vallen om Duitsland te laten overleven”. Toen Hans Scholl op 18 februari werd gearresteerd aan de Universiteit van München, zat het handgeschreven concept in zijn zak. Hij probeerde het tevergeefs te verscheuren en te verbergen. Twee dagen later werd Christoph in Innsbruck gearresteerd. Het gerechtshof veroordeelde hem samen met Hans en Sophie Scholl ter dood op 22 februari 1943. Hij werd beschuldigd van het opstellen van een ongepubliceerd pamflet en het luisteren naar Engelse radiozenders. Christoph Probst werd geëxecuteerd in de gevangenis van München-Stadelheim.