Alexander Schmorell nacque a Orenburg, in Russia. Suo padre Hugo Schmorell, medico, proveniva da una famiglia tedesca che si era stabilita lì nel XIX secolo. La madre Natalja era russa e morì di tifo quando Alexander aveva soltanto un anno. Nel 1920 il padre si risposò.
Durante la guerra civile russa, la famiglia fu costretta a lasciare il Paese e nel 1921 si stabilì a Monaco. Alexander e i suoi due fratelli minori crebbero bilingui e la cultura russa fu una parte importante della loro educazione.
Dal 1933 in poi Alexander Schmorell fu membro di organizzazioni giovanili nazionalsocialiste. Dopo la scuola, nel 1937, dovette svolgere il Reichsarbeitsdienst (Servizio del Lavoro del Reich) e successivamente dovette arruolarsi nella Wehrmacht. Quando arrivò il momento di prestare il giuramento obbligatorio di fedeltà ad Adolf Hitler, chiese invano di essere congedato dalla Wehrmacht. La sua unità fu impiegata per l’invasione dell’Austria nel 1938 e successivamente durante l’occupazione della Cecoslovacchia. Le esercitazioni e l’uniformità della vita militare erano in contrasto con il desiderio Alexander di indipendenza e libertà.
Nel 1939, Schmorell iniziò a studiare medicina. Fu poi assegnato alla 2ª Studentenkompanie (Seconda Compagnia Studenti) dove incontrò Hans Scholl nel giugno 1941 e Willi Graf in un secondo momento. Divennero amici grazie al comune interesse per l’arte e la letteratura e al loro atteggiamento critico nei confronti del nazionalsocialismo. Nel giugno e luglio 1942, Schmorell e Scholl pubblicarono quattro “Volantini della Rosa Bianca”.
Dalla fine del luglio all’ottobre 1942, Schmorell e i suoi amici della Compagnia degli Studenti furono costretti a prestare servizio come inservienti medici sul fronte orientale vicino a Mosca. Il ritorno alla patria della sua infanzia, le esperienze al fronte e l’impressione della condotta criminale della guerra lo convinsero a intensificare la resistenza contro il regime nazista.
Quando il 18 febbraio 1943 i fratelli Scholl furono arrestati, Schmorell decise di fuggire da Monaco. Progettò di nascondersi in un campo per prigionieri di guerra sovietici vicino a Innsbruck. Quando questo piano fallì, tornò a Monaco dove, il 24 febbraio, fu tradito in un rifugio antiaereo e consegnato alla Gestapo.
Il 19 aprile 1943 il Tribunale del Popolo condannò Alexander Schmorell a morte, insieme a Kurt Huber e Willi Graf. La sentenza fu eseguita il 13 luglio, quando Schmorell fu decapitato nella prigione di Monaco-Stadelheim.